Durch das Hauptportal am Josephsplatz gelangt man in den dreischiffigen Innenraum, welcher 43 Meter lang und 20 Meter hoch ist. Direkt angeschlossen am Hauptschiff ist ein Hochchor von 40 Metern Länge, 10 Metern Breite und 24 Metern Höhe. Der Hochaltar wurde vom Bildhauer Andreas Halbig für die Votivkirche entworfen und gefertigt, der Altar wurde dort vom Architekten Heinrich Ferstel abgelehnt, der Altar wurde 1873/1874 in der Augustinerkirche übertragen.

Die kleine Orgel wurde 1985 anlässlich der Festwochen im Jubiläumsjahr „300 Jahre Johann Sebastian Bach“ errichtet. Das Instrument stammt aus der Orgelbauwerkstatt der Gebrüder Reil (Heerde/Niederlande) und wurde in historischer Bauweise erbaut. Das rein mechanische Instrument hat 25 Register auf zwei Manualen und Pedal.

An der rechten Längswand neben dem Musikchor Altar mit „Vision der heiligen Magdalena" von Johann Michael Rottmayr (um 1707), darüber Wolkengloriole von J. B. Straub (um 1730);

Bild oben links: Die Kirchenbänke in den östlichen Langhausjochen mit ihren reich ornamentierten Wangen und biblischen Szenen an den Stirnseiten, um 1730 von Johann Baptist Straub ausgeführt, kamen aus der ehemaligen Schwarzspanierklosterkirche in der ehem. Alservorstadt in Wien, diejenigen mit intarsierten Wangen mit dem jeweiligen Emblem Kaiser Karls VI. stammen aus der unter Kaiser Josef I. und unter Maria Theresia veränderten Kammer- oder Josefskapelle in der Wiener Hofburg bzw. des ehem. Jakoberklosters. (2) Bild oben rechts: Die große Orgel wurde im Jahr 1976 von der Orgelbaumanufaktur Rieger (Schwarzach, Vorarlberg) neu erbaut. Das historische Gehäuse stammt aus der Zeit um 1785 und beherbergte bis zum Zweiten Weltkrieg ein Instrument, das von Johann Hencke für die Schwarzspanierkirche erbaut worden war, und Ende des 18. Jahrhunderts in St. Augustin aufgestellt wurde.

Wenn man die Kirche betritt steht auf der rechten Seite das monumentale Hauptwerk von Antonio Canova, das Grabdenkmal für Erzherzogin Marie Christine, Gattin Albrechts von Sachsen-Teschen, einer Tochter Maria Theresias. Dieses Monument in steiler pyramidaler Form diente auch zur Vorlage für Canovas eigenes Grabmonument, das seine Schüler in der Kirche S. Maria dei Frari in Venedig später errichteten. (2)

Über eine Stufenanlage erhebt sich die Grabpyramide mit einem dunkel erscheinenden, illusionistischen Grabtor ins Totenreich, auf welches der Trauerzug mit den Personifizierungen der Tugend (mit einer Urne) und der Caritas (die einem Greis beim Gehen hilft) zuschreiten. Der Löwe als Symbol der Macht ruht auf den Stufen, auf der Wandpyramide hält über dem Tor ein Genius das Bildnismedaillon der Erzherzogin. Das Grabmal wurde 1798 bis 1805 erbaut und gilt als Hauptwerk der klassizistischen Grabmalkunst. (2)

Bild oben mitte: Sie stand 1627 inmitten der Kirche, wurde 1784 an ihren heutigen Standort übertragen und ist ohne künstlerischen Wert (die einst kostbare Ausstattung fiel der Silberablieferung während der Napoleonischen Kriege zum Opfer).