Die ehemalige Klosterkirche ist eine Hallenkirche mit einem langen Chor. Rechts neben dem Altar ist in die Wand der Grabstein des Reformators und Gothaer Superintendenten Friedrich Myconius eingelassen. Der Stein wurde nach der Aufhebung des Alten Gottesackers 1874 in die Augustinerkirche überführt.
Der Altar ist schlicht gehalten. hinter ihm ragt an der Ostwand des Kirchenraumes das große Holzkruzifix in die Höhe. Es stammt wahrscheinlich aus dem 17. Jahrhundert. Das Kruzifix ist umgeben mit einem frühbarocken Rahmen. Der Rahmen ist Teil einer Gedenktafel, die die Herzogin Dorothea Maria (1547-1617) für ihren verstorbenen Gemahl Johann von Weimar (1570-1605) gestiftet hatte.
Die Fürstenloge von Herzog Friedrich I. (1646-1691). Sie gehört zu den barocken Einbauten aus dem 17. Jahrhundert. Gekrönt ist die Loge mit Herzoghut und der Darstellung von Knabengestalten. Diese tragen Spruchbänder, Ranken und die Wappen von Cleve, Sachsen, Jülich und Berg.
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Ein visueller Rundgang durch die Austinerkirche.
Die Kanzel ist reich verziert und ruht auf einem korinthischen Säulenfuß. Darüber befinden sich die vier Evangelisten und der Apostel Paulus. Der sechsseitige Schalldeckel zeigt Engelsfiguren mit Ranken und Marterwerkzeugen als Symbole der Leiden Christi. Darüber steht auf einer Weltkugel der über den Tod siegreiche Christus mit der Auferstehungsfahne.
Die Orgel wurde 1993 von den Orgelbauern Rudolf Böhm (Gotha) und Gerhard Schmid (Kaufbeuren) in dem Orgelgehäuse der Gebrüder Wedemann aus dem Jahre 1692 erbaut.
Das Schleifladen-Instrument hat 49 Register auf vier Manualwerken und Pedal. Die Spieltrakturen sind mechanisch, die Registertrakturen sind elektrisch.
Der Orgelprospekt ist barock und stammt aus dem Jahre 1692. I Hauptwerk C–g3, II Schwellwerk C–g3, IIISchwellwerk C–g3, IV Recit C–g3, Pedalwerk C–f1.
1216 gründeten Zisterziensernonnen in Gotha ein Kloster, das bereits 1258 in den Besitz der Augustinermönche gelangte. Sie erweiterten das Kloster und errichteten eine neue Kirche. 1676 wurde die Kirche unter Herzog Ernst I. durch Andreas Rudolph nochmals umgebaut und bis 1680 frühbarock ausgestattet. Dabei erhielt sie zweigeschossige Emporen.
Die gotische Kreuzganganlage ist ein besonderes Kleinod der Stadt Gotha. Sie wurde 1366 erbaut. Der Innenhof hat eine Größe von 13 x 15 m.
